राष्ट्रीय अभिलेखागार का प्रकाशन कार्यक्रम 1942 में भारतीय ऐतिहासिक अभिलेख आयोग की अनुसंधान और प्रकाशन समिति की सिफारिश पर शुरू किया गया था। इसे अभिलेखागार के निदेशक श्री एस एन सेन के मार्गदर्शन में शुरू किया गया था और समिति की सिफारिश के अनुसार, प्रकाशन योजना दो श्रेणियों में शुरू की गई थी:
- अभिलेखों का विस्तार से प्रकाशन
- अंग्रेजी और पूर्वी (ओरिएंटल) अभिलेखों से चयन
तब से, विभाग नियमित रूप से प्रकाशन योजना में सुझाए गए सिद्धांतों पर विभिन्न प्रकार के प्रकाशन ला रहा है। हालांकि, नियमित प्रकाशन कार्यक्रम से पहले विभाग द्वारा कुछ प्रकाशन भी प्रकाशित किए गए थे। उपर्युक्त के अलावा, विभाग ने विश्वविद्यालयों और विद्वान समाजों के साथ सहयोग किया और ओरम पांडुलिपियों (अन्नामलाई विश्वविद्यालय), पंजाब अकबर, 1839-40 (सिख हिस्ट्री सोसाइटी), एल्फिंस्टन के पत्राचार 1804-1808 (नागपुर विश्वविद्यालय), ऑक्टरलोनी पेपर्स 1818-25 (कलकत्ता विश्वविद्यालय) और विदेश विभाग के न्यूज़लेटर्स, जिसका शीर्षक उत्तर-पश्चिमी सीमांत और ब्रिटिश इंडिया 1839-42, 2 खंड (पंजाब विश्वविद्यालय) से चयन के प्रकाशन को प्रायोजित किया। इसी प्रकार इस कार्यक्रम के अंतर्गत इस विभाग की अभिरक्षा में शामिल बंगाली, हिन्दी, फारसी, संस्कृत और तेलुगु दस्तावेजों का एक-एक खंड भी प्रायोजित और प्रकाशित किया गया है।
डॉ. तारा चंद के अधीन अभिलेखीय विधान संबंधी समिति ने 1960 में सिफारिश की थी कि जब भी कार्यक्रम पूरे हो जाएं और पूर्ण प्रकाशन का विशेषाधिकार इतिहास के उस चरण से संबंधित हो, जिसके बारे में बहुत कम या कोई ज्ञान नहीं हो, के पूर्ण पाठ को प्रकाशित करने की प्रथा समाप्त हो जाए। जहां तक शिक्षा रिकॉर्ड के प्रकाशन का सवाल है, समिति ने सिफारिश की कि उनके संपादन और प्रकाशन का पूरा कार्य राष्ट्रीय अभिलेखागार से निकाला जाना चाहिए और या तो शिक्षा मंत्रालय की एक उपयुक्त शाखा को दिया जाना चाहिए या किसी उपयुक्त संस्थान को सौंपा जाना चाहिए। बाद में, शिक्षा रिकॉर्ड श्रृंखला के चयन के प्रकाशन का काम जाकिर हुसैन सेंटर फॉर एजुकेशनल स्टडीज, जवाहरलाल नेहरू विश्वविद्यालय, नई दिल्ली को स्थानांतरित कर दिया गया।
प्रकाशन नीति में एक बड़ा बदलाव 2010 में हुआ जब अभिलेखागार के महानिदेशक प्रोफेसर मुशीरुल हसन ने सार्वजनिक निजी भागीदारी कार्यक्रम में अभिलेखागार: ऐतिहासिक पुनर्मुद्रण श्रृंखला के तहत दुर्लभ पुस्तकों को पुनर्मुद्रण करने का फैसला किया। इसके अलावा, प्रकाशन समिति ने सुझाव दिया कि इस विभाग में उपलब्ध सार्वजनिक अभिलेख, प्रतिष्ठित हस्तियों के निजी पत्र और ओरिएंटल रिकॉर्ड्स से संग्रह, विद्वानों और इच्छुक उपयोगकर्ताओं के उपयोग के लिए प्रतिष्ठित शिक्षाविदों की मदद से संपादित और प्रकाशित किया जाना चाहिए।
विभाग ने अब तक मूल्य और गैर-मूल्यित प्रकाशनों को जारी किया है। पिछले 70 वर्षों के दौरान प्रकाशित प्रकाशनों का संक्षिप्त विवरण इस सूची में शामिल किया गया है।