अभिलेखों की भौतिक सुरक्षा भंडारण परिवेश, सामग्री के प्रयोग और उसकी मरम्मत तथा आग, बाढ़, अन्य प्राकृतिक आपदाओं से उसे बचाने के लिए किए गए सुरक्षा उपायों पर निर्भर होती है। राष्ट्रीय अभिलेखागार का स्टैक क्षेत्र मुख्य और सौध भवन में स्थित है तथा अभिलेख लोक अभिलेख, मानचित्र अभिलेख, विभागीय अभिलेख, निजी अभिलेख, प्राच्य अभिलेख के रूप में श्रेणीबद्ध किए गए हैं। राष्ट्रीय अभिलेखागार के संग्रह का शेल्फ स्पेश 40 किमी. तक है तथा नियमित श्रृंखला 1748 से शुरू होती है। अभिलेखों को आदर्श भंडारण परिवेश में रखा जाता है और तापमान एवं सापेक्षिक आर्द्रता बनाए रखने के लिए वातानुकूलन को 24 घंटे चालू रखा जाता है और अभिलेखों के लिए उपयुक्त तापमान को बनाए रखा जाता है।
फाइलों, पुस्तकों, खंडों, दुर्लभ पांडुलिपियों, मानचित्रों तथा संधियों के रूप में मौजूद इन अभिलेखों को स्टील शेल्फ, कार्टन बाक्स, प्लाइबोर्ड तथा कैम्पेक्टर सिस्टम में अभिलेखीय मानकों के अनुसार रखा जाता है। स्टैक क्षेत्र में अत्याधुनिक अग्निशमन यंत्र रखे गए हैं।